Navisworks compare 2 maquettes que vous sélectionnez (la sélection A contre la sélection B), peu importe leur origine.

Est-ce que les 2 maquettes ont été modélisées dans les logiciels différents ?

Oui justement le problème est là: ce sont 2 maquettes réalisées par des intervenants différents (archi et BET structure).