Je dirais de faire un "Enregistrer sous" dans le nouveau dossier puis, dans les options d'enregistrement, de cocher "Enregistrer en tant que modèle central".
Il faut donc rouvrir le modèle central et enregistrer chaque sous-projet un par un dans son répertoire de la nouvelle phase afin de conserver l'arborescence ?
Les sous-projets sont un partitionnement de la maquette Revit, donc en déplaçant la maquette ils seront déplacés aussi.
Par contre si vous parlez des maquettes créés en local et par la suite synchronisées avec le modèle central, oui il faut les recréer (ou a minima modifier dans les paramètres de synchronisation le modèle central avec lequel synchroniser).
Mon fichier (central) est toujours le même et évolue à travers les phases et je créée un "arret" (archive) du projet lors de changement de phase. Cette archive je la réalise avec "etransmit" depuis Revit par exemple
C'est l'évolution normal de la maquette en étude, deplus j'ai toujours le même nom au même emplacement avec les lien qui fonctionne toujours pas besoin de changer car nouveau répertoire et ainsi de suite
Donc pour moi il y a le travail au fil de l'avancée du projet et les rendu au phase souhaitée (archive dans un dossier spécifique)