C'est le point interne Revit (le "3e point" ) qui est en fait le point 0 informatique depuis lequel la géométrie est calculée par l'ordinateur qui est utilisé comme point de base pour l'export en IFC (sauf depuis la récente version du plugin d'export IFC de Angel Velez uniquement pour R2018 et 2019 il me semble).
Pour savoir ou est ce point: détrombonner le point projet, click droit dessus, déplacer vers l'emplacement de départ. Le point projet et l'origine interne Revit sont maintenant confondus.

Si lorsque les origines internes des deux fichiers sont superposées, leur géométrie n'est pas correctement placée l'une par rapport à l'autre (ce qui est le cas si j'ai bien compris), la seule solution à ma connaissance pour avoir des IFC bien placés c'est de ppositionner manuellement le lien au bon endroit, exporter les coordonnées dans ce lien et travailler avec des sites partagés.