Avant de voir la fin de votre message j'allais justement vous proposer de supprimer la porte et la remodéliser au même endroit, même paramètres.
Si le bug persiste, le problème est plus global
Si le bug disparait, c'est effectivement un artefact dû à cette porte en particulier
Il faudrait avant tout faire le test la dernier version de l'exporteur ifc (voir sourceforge ou github, je ne sais plus où il est stocké) et sur une version plus récente de Revit, c'est la première chose que vérifiera Autodesk.